Neues Qualitätssicherungsprogramm verbessert Genomsequenzierung bei resistenten Gonokokken
Das US-amerikanische Antimicrobial Resistance Laboratory Network (AR Lab Network) hat ein externes Qualitätssicherungsprogramm (External Quality Assessment, EQA) für die Whole-Genome-Sequenzierung (WGS) von Neisseria gonorrhoeae etabliert. Das Programm soll die Zuverlässigkeit genomischer Überwachungsdaten bei multiresistenten Gonokokken deutlich verbessern. Die Studie, die in der Fachzeitschrift Microbiology Spectrum veröffentlicht wurde, beschreibt die Einführung des biannualen EQA-Programms ab Herbst 2020. Dabei erhalten vier regionale Labore des Netzwerks jeweils fünf verblindete Referenzisolate von Neisseria gonorrhoeae in dreifacher Ausführung. Die Labore führen sowohl eine Antibiotika-Resistenztestung als auch eine Whole-Genome-Sequenzierung durch. Die Daten werden anschließend an die Centers for Disease Control and Prevention (CDC) übermittelt und dort auf Taxonomie, Sequenzqualität, phylogenetische Analyse und Übereinstimmung mit phänotypischen Daten geprüft. In den ersten Zyklen traten noch Qualitätsprobleme auf: Ein Labor erreichte in Zyklus 1 (2021) weniger als 80 Prozent der Punkte aufgrund unzureichender Sequenzabdeckung und schlechter Assemblierung. In einem…
