Bioinformatyka: Sztuczna inteligencja powoduje zmianę paradygmatu w symulacjach molekularnych
Nankin (LabNews Media LLC) – Integracja algorytmów uczenia maszynowego, a w szczególności technik głębokiego uczenia (deep learning), zapoczątkowała technologiczną zmianę paradygmatu w symulacjach biomolekularnych. Zespół badawczy z Uniwersytetu Nankińskiego w artykule przeglądowym przedstawił, w jaki sposób sztuczna inteligencja (AI) może rozwiązać trwający od dziesięcioleci dylemat między dokładnością obliczeniową a wydajnością. Podczas gdy narzędzia takie jak AlphaFold2 zrewolucjonizowały statyczną strukturę białek, modelom AI brakowało danych eksperymentalnych do przewidywania ruchów komórkowych. Symulacje dynamiki molekularnej (MD) w połączeniu ze sztuczną inteligencją (AI) wypełniają obecnie tę lukę. Artykuł został opublikowany w czasopiśmie Quantitative Biology (DOI: 10.1002/qub2.70024). Aby rozszyfrować funkcje biologiczne na poziomie molekularnym, naukowcy potrzebują nie tylko trójwymiarowych struktur o wysokiej rozdzielczości, ale także mechanistycznej wiedzy na temat dynamiki cząsteczek – na przykład w procesie fałdowania białek lub interakcji białko-białko. Klasyczne symulacje obejmujące wszystkie atomy obliczają trajektorie atomów za pomocą empirycznych pól sił, ale napotykają na ograniczenia w przypadku złożonych procesów na dużą skalę, takich jak agregacja amyloidu (złogi białka)...





