Bioinformatik: Artificiell intelligens orsakar ett paradigmskifte inom molekylära simuleringar
Nanjing (LabNews Media LLC) – Integreringen av maskininlärningsalgoritmer, särskilt djupinlärningstekniker, har utlöst ett teknologiskt paradigmskifte inom biomolekylära simuleringar. Ett forskarteam från Nanjing University har i en vetenskaplig översiktsartikel beskrivit hur artificiell intelligens (AI) kan lösa det årtionden långa dilemmat mellan beräkningsnoggrannhet och effektivitet. Medan verktyg som AlphaFold2 har revolutionerat proteiners statiska struktur, har AI-modeller saknat experimentella data för att förutsäga cellulära rörelser. Molekyldynamiksimuleringar (MD), i samband med AI, fyller nu detta gap. Artikeln publicerades i tidskriften Quantitative Biology (DOI: 10.1002/qub2.70024). För att dechiffrera biologiska funktioner på molekylär nivå behöver forskare inte bara högupplösta 3D-strukturer utan också mekanistiska insikter i molekylernas dynamik – till exempel i proteinvikning eller protein-protein-interaktioner. Klassiska allatomsimuleringar beräknar atombanor med hjälp av empiriska kraftfält, men stöter på begränsningar i komplexa, storskaliga processer som amyloidaggregation (proteinavlagringar)...





