KI generiert erstmals lebensfähige Bakteriophagen-Genome
Forschende haben mit generativen Genom-Sprachmodellen erstmals vollständige, lebensfähige Bakteriophagen-Genome entworfen. Die Modelle Evo 1 und Evo 2, trainiert auf Millionen natürlicher Genome, erzeugten Phagen mit gezielter Wirtsspezifität für Escherichia coli C. Von nahezu 300 synthetisierten und getesteten KI-Generaten erwiesen sich 16 als lebensfähig. Die Ergebnisse erschienen in Science (DOI: 10.1126/science.aec2657). Als Vorlage diente der bekannte Phage ?X174. Die generierten Genome wiesen de-novo-Mutationen, abweichende Gene und regulatorische Elemente sowie variable Längen auf. Einer der Phagen integrierte sogar ein DNA-Verpackungsprotein eines evolutionär weit entfernten Phagen; Kryo-Elektronenmikroskopie bestätigte den Einbau in das Kapsid. Die Phagen zeigten unterschiedliche Fitnessprofile und kompetitive Infektionskinetiken. Ein Cocktail aus den generierten Phagen überwand ?X174-resistente E.-coli-Stämme – im Gegensatz zu einer Mischung natürlicher ?X174-ähnlicher Phagen. Die Arbeit demonstriert, dass Sprachmodelle evolutionäre Constraints der DNA erfassen und funktionale, von natürlichen Sequenzen abweichende Genome mit vordefinierten Eigenschaften erzeugen können. Sie erweitert…



